За последние десятилетия отмечены значительные достижения селекционно-племенной работы с рыбами. Широко применяется промышленное скрещивание амурского сазана с карпом для повышения устойчивости к неблагоприятным условиям зимовки и болезням, белого и пестрого толстолобиков для получения продуктивных промышленных гибридов. Развитие товарного осетроводства основано на выращивании бестера - гибрида белуги со стерлядью.
В связи с индустриализацией рыбоводства, применением заводских способов разведения рыб роль каждого производителя в формировании качества потомства резко повышается. Так, на ряде осетровых заводов за сезон получают потомство лишь от нескольких самок в связи с тем, что максимальная плодовитость самок белуги достигает 7,7 млн. икринок.
Управляемое рыбное хозяйство ставит новые важные вопросы перед селекционно-племенной работой и в то же время облегчает их решение благодаря тому, что можно наблюдать за рыбой в течение всей жизни и воздействовать на ход ее развития. Селекционно-племенная работа в рыбоводстве отличается, например, от молочного животноводства тем, что в ней потомство оценивается не только по дочерям, а также тем, что производители долгое время сохраняют способность к размножению и дают огромное количество потомства.
С другой стороны, вследствие того, что рыбы являются пойкилотермными животными, их рост сильно зависит от условий среды, а их показатели продуктивности не выражены так четко, как у теплокровных. Если выращивание рыб осуществляют в бассейнах и прудах, то очень трудно содержать потомство от каждого скрещивания отдельно.
Задачей селекции карпа является выведение устойчивых к заболеваниям и быстрорастущих породных групп, создание линий, дающих быстрорастущих гетерозисных промышленных гибридов для прудовых и индустриальных тепловодных хозяйств, повышение пищевой ценности мяса карпов. Задачей селекции растительноядных рыб является создание разнокачественных линий для получения быстрорастущих и устойчивых к неблагоприятным условиям межлинейных гибридов белого и пестрого толстолобиков.
При выращивании новых объектов рыбоводства необходимо изучать генетические показатели буффало, икталуруса и веслоноса, разрабатывать рекомендации по племенной работе с ними, формировать маточные стада. Во всех полносистемных хозяйствах маточные стада карпа и растительноядных рыб нужно создавать из высококачественных производителей, осуществлять племенной учет, мечение производителей, выращивание племенного стада в соответствии с требованиями селекционно-племенной работы.